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Bei der Zersetzung werden tote organische Stoffe in einfachere Einheiten zerlegt, die schließlich von verschiedenen Arten von Bakterien und Pilzen verbraucht werden. Diese Funktion ist für das Management toter Organismen von wesentlicher Bedeutung. Bakterienkolonien beginnen den Zersetzungsprozess kurz nach dem Tod des Lebewesens, ob pflanzlich, tierisch oder menschlich. Bakterien sind auch nützlich beim Abbau von Ölen, die im Meer oder in Seen verschüttet werden.
Zersetzung von Mensch und Tier
Die Zersetzung beginnt buchstäblich im Moment des Todes. Der Prozess beginnt mit der Autolyse, dem Abbau von Körpermaterie durch eigene Substanzen wie Enzyme und Bakterien, die sich normalerweise im Verdauungstrakt befinden. Menschen und Tiere werden nicht nur von Bakterien und Pilzen abgebaut. Andere äußere Faktoren wie Temperatur, Insekten und Regenwürmer beeinflussen ebenfalls die Zersetzung des Körpers. Fleischfliegen und Kalifornische Fliegen legen ihre Eier in den Körper des zerfallenden Tieres. Eier werden zu Larven, die auch am Abbau organischer Stoffe beteiligt sind. Saprophage (zersetzende) Bakterien können aerob (in Gegenwart von Sauerstoff atmen) oder anaerob (in Abwesenheit von Sauerstoff leben) sein, um die Zersetzung einzuleiten.
Pflanzenzersetzer
Der Boden bietet eine Vielzahl von Bakterienkolonien, die nach abgestorbenem Pflanzenmaterial wie Pflanzen suchen, um sich zu zersetzen. Es gibt eine Mischung aus Bakterien, Pilzen und anderen Mikroben, die tote organische Stoffe abbauen und zersetzen. Tatsächlich gibt es zu viele Arten, um sie aufzulisten, aber einige Bakterien wie Streptomyces, Penicillum, Bacillus und Aspergillus sind bekannt und werden beim Abbau organischer Stoffe identifiziert. Alle diese Arten sind ein wesentlicher Bestandteil der Zersetzung von Blättern und anderen Pflanzenresten. Sie sind der Grund, warum tote Blätter oft als "Skelette" von Blättern bezeichnet werden.
Lebensmittelzersetzer
Im Kühlschrank vergessene Lebensmittel zersetzen sich ebenso wie Blätter im Boden. Obwohl der Kühlschrank den Prozess verlangsamt, werden die Lebensmittel immer noch abgebaut und zersetzt. Bakterien wie Penicillium, Bacillus thuringiensis und andere Bacillus spielen ebenso wie Pilze eine wichtige Rolle bei der Zersetzung von Lebensmitteln. Zusammen wirken diese beiden Organismen Saprophyten. Das Bakterium dringt aufgrund einer Hautverletzung in Lebensmittel wie Früchte ein. Von diesem Eingang aus setzen sich andere Bakterien ab und verbleiben, bis die Nahrung vollständig zersetzt ist. Pilzaktivität ist offensichtlich, wenn sie in einem vergessenen Topf oder Lebensmittel vorhanden ist. Es ist auch offensichtlich, wenn das Lebensmittel ranzig wird und der Zersetzungsprozess es für den Verzehr ungeeignet macht.
Zersetzung von Ölen
Einige Bakterienkolonien waren nützlich, um die Reinigung und den Abbau von Ölen zu erleichtern, die in die Ozeane gelangen. Pseudomonas, gentechnisch veränderte Bakterien, sind als "Ölfresser" bekannt geworden. Sie wurden 1989 zum ersten Mal zur Reinigung von verschüttetem Öl bei Exxon Valdez verwendet und wurden seitdem mehrmals verwendet. Andere Bakterien, die zur Zersetzung von Ölen beitragen, sind Alcanivoraz borkuensis, eine Meeresspezies, deren Überleben von Ölen abhängt. Sie sind in nicht kontaminierten Gewässern praktisch nicht nachweisbar, aber wenn Ölverschmutzungen auftreten, beginnen die Bakterien, die Substanz aggressiv zu manifestieren und zu zersetzen.